程序設定會直接影響整個Logos的工作程序，而不是影響單獨資源或程序。
程序設置大部分是用「要」和「不要」按鈕來切換的，切換之後即時生效， 因此你不用保存更改。不過一些程序的更改是需要重新啟動程序才可見效的（例如，更改語言）。 想要了解更多設置的詳細信息，將鼠標懸停在你所所要了解的選項上，點擊顯示出的「幫助」圖標。
你可以輕鬆自定義Logos偏向設置。 有三種方法可以進行設置：
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點擊 工具> 實用程式 >程序設置,
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在指令框中輸入程序設置
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之後就從面板菜單中可以找到並進行訪問
下面將會介紹一些最頻繁的程序設定更改。
常規設置
- 在啟動時打開會允許你設置Logos的視圖顯示，設置範圍包括主頁、空白布局、以及你曾選擇過的任意布局。 點擊查看文章布局 ，了解更多信息。
- 引文樣式允許你從可用選項中選擇一個書籍引用樣式(例如 APA, Chicago Manual of Style, MLA, Turabian等.)。
- 語言選項將會設定你的整個程序菜單以及界面的語言。 對此設置更改後，你必須重啟Logos軟件才可見實效。 注意：此設定將更改系統程序語言，而不是書籍資源內的語言。
- 顯示選項里(如顯示警示和顯示視覺提示) 會允許你自定義Logos的程序變更，程序信息以及通知提示的顯示方式。
協助工具
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內容縮放 影響到所有資源中的文本的字體大小。 如果想要在特定資源內設置文本大小，需要先打開資源並點擊資源面板圖標
，並將文本尺寸滑塊拖動到所需的位置。
- 程序縮放 功能會改變整個程序里的文本、按鈕、以及菜單的大小。
- 資源面板背景 功能將只會調整資源背景的陰影和顏色。
互聯網設置
- 如果您處於低寬帶或限流的互聯網連接，點擊調整0>自動開始下載就可以自定義選擇下載更新時間以及程序是否自動更新。 注意： 如果你關閉了自動下載，如果有新資源被添加到你的圖書資源庫，你需要手動下載更新。 （如需手動更新Logos軟件，須將現在更新輸入到命令框內，並按回車鍵。）
- 如果你的計算機硬盤儲存空間不夠，你可以更改默認設置里的下載新資源，並選擇否。 這將阻止你的本地安裝下載裝置自動下載添加新的資源。注意：您可以在圖書資源庫里手動選擇下載新的資源。 關於雲資源和手動資源下載的更多信息，請參閱此文獻。
- 點擊顯示社區評分/標籤選項按鈕來切換您的圖書資源庫是否會顯示更多的Logos社區用戶信息。
文本顯示設置
- 調整這些設置可更改資源內的字體和布局結構（文本大小除外 - 請參閱上面 查閱設置 ）。
翻譯格式設置
- 調整這些設置可更改Logos音譯的希臘語、希伯來語、以及敘利亞語格式。 音譯是使用另一種語言裡最接近原文的對應詞的讀音的一種翻譯方式。
隱藏資源設置
- 你可以隱藏你不想在你的資源圖書庫里顯示的書籍。
注意：這不會刪除你的資源，此設置不同於移動本地庫中資源到雲資源。 - 如果想要退回購買的資源， 請聯繫Logos客服中心 。